所謂“搔菌”就是手工用搔菌機(jī)（或手工）去除老菌種塊和菌皮，這是促使菌絲發(fā)生原基的重要措施，通過搔菌可使子實(shí)體從培養(yǎng)基表面整齊發(fā)生。

食用菌袋從接種到長(zhǎng)滿，不同品種有差異，發(fā)菌期需30--40天。在發(fā)菌過程中，由于菌絲生長(zhǎng)造成呼吸熱使水分蒸發(fā)，上層菌絲老化，甚至形成菌皮菌膜，阻礙空氣相對(duì)濕度與內(nèi)部菌絲接觸，對(duì)新鮮空氣接觸不暢，延長(zhǎng)出菇時(shí)間，即使出菇也不整齊。搔菌后，新生菌絲生命力旺盛 ，接觸新鮮空氣、空間相對(duì)濕度，從而達(dá)到菇齊苗壯。

對(duì)于覆土栽培來(lái)說，搔菌的目的還為了保證覆土的疏松結(jié)構(gòu)，造成許多易于結(jié)菇的小氣候，這些小氣候是保證結(jié)菇的多寡也就決定了蘑菇高產(chǎn)與否的關(guān)鍵。他的好處是出菇較齊，易于管理。